Odota...
Wait...
Korppi-järjestelmän toimintoja Korppi

11.23.0

Kirjaudu sisään järjestelmään!
20.11.2017 05:54

TJTS558 COM1: Genome Assembly Algorithms, 3 op [kotisivu]

Tietojenkäsittelytieteiden laitos

Tiedotus:
Kurssille ei voida ilmoittautua, koska se on jo vanhennettu.
Kurssin ilmoittautumisaika päättyi 2.5.12 klo 23:59.

Yleisiä tietoja

Kotisivu: https://www.jyu.fi/science/muut_yksikot/summerschool/en
Alkaa - päättyy: 13.8.12 - 17.8.12
Ilmoittautumisaika: 1.2.12 klo 12:00 - 2.5.12 klo 23:59
Ilmoittautuminen voidaan perua 26.6.2012 klo 00:00 mennessä.
Opettaja(t): Professori Jari Veijalainen (jari.a.veijalainen@jyu.fi)
Laajuus: 3 op
Kielet: opetuskielet: English; suorituskielet: English
Ilmoittautuneita: 30
Maksimi osallistujamäärä: 35
Sopii vielä: 5
Organisaatiot:Informaatioteknologian tiedekunta (ITK), Kansainvälinen kesäkoulu - Jyväskylä Summer School (JSS), Tietojenkäsittelytiede (TKT), Tietojenkäsittelytieteiden laitos (TKTL)
Sisältö:

Goal of genome assembly is to reconstruct the genome sequence from data obtained from genome sequencing machines. This is needed as DNA sequencing technology cannot read whole genomes in one go, but rather reads small pieces of between 20 and 1000 bases, depending on the technology used. The problem of sequence assembly can be compared to taking many copies of a book, passing them all through a shredder, and piecing a copy of the book back together from only shredded pieces. Topics of lectures will include data structures for representing genomic data (overlap graph, de Brujin graph, string graph) and algorithms for genome assembly.

 

Osaamistavoitteet:

 Learning goals are:

  • to understand basic principles of genome assembly algorithms;
  • to understand basic genome assembly quality metrics;
  • to know how to apply modern genome assembly software.
Esitiedot:

The student should have basic knowledge of graphs and graph algorithms. The student should also be able to use suitable open source software tools.

Opetusmuodot:

20 h lecture, demonstrations and report. It will be required from the students to prepare a report on assembling bacterial genome using one of the open-source genome assemblers.

Suoritustavat:

Obligatory attendance at lectures, quizzes during lectures and report evaluation.

Kirjallisuus:

Literature:

  • Book: Algorithmic Aspects of Bioinformatics by Hans-Joachim Bockenhauer and Dirk Bongatz (http://www.springer.com/computer/theoretical+computer+science/book/978-3-540-71912-0)
  • Paper: Compeau P., Pevzner P. Genome Reconstruction: A Puzzle with a Billion Pieces http://cseweb.ucsd.edu/~ppevzner/B4B/excerpts/Compeau-Pevzner.pdf

[Tiivistä opetusryhmien aika- ja paikkatiedot]

Lecture [ryhmien tarkat tiedot ja ilmoittautuminen]

Lecture [ryhmätiedot ja ilmoittautuminen]; ilmoittautuneita 30, maksimi 35
ilm.aika: 1.2.2012 12:00 - 2.5.2012 23:59
 PaikkaViikkoPäiväPvmKloOhjaajaLisätietojaURITapahtuman tiedot
1MaD 20533ma13.8.201208:30-12:00VeijalainenTapahtuman tiedot
2MaD 20533ti14.8.201208:30-12:00VeijalainenTapahtuman tiedot
3MaD 20533ke15.8.201208:30-12:00VeijalainenTapahtuman tiedot
4MaD 20533to16.8.201208:30-12:00VeijalainenTapahtuman tiedot
5Ag B212.1 (Finland)33pe17.8.201208:30-12:00VeijalainenTapahtuman tiedot
6Ag B211.1 (Sovjet)33pe17.8.201208:30-12:00VeijalainenTapahtuman tiedot